Szkoła Podstawowa Specjalna nr 2 w Ciechocinku od 1 września 1949 roku otacza opieką dydaktyczno-wychowawczą dzieci przewlekle chore i niepełnosprawne przebywające na leczeniu w uzdrowisku. W kolejnych latach  w szkole uczyły się dzieci i młodzież leczone w sanatorium „Pionier”,   22. Wojskowym Szpitalu Rehabilitacyjno-Uzdrowiskowym (do 2001 r.), sanatorium  MSWiA (do 2005 r.) oraz  Szpitalu Uzdrowiskowym nr 3 im. dra Markiewicza. Od 2005 roku szkoła organizuje naukę również na oddziałach dziecięcych Wojewódzkiego Szpitala Specjalistycznego we Włocławku.

W 1973 roku oddano do użytku nowy budynek szkoły w Ciechocinku mieszczący się przy ulicy St. Staszica 7.

Od 1999 roku organem prowadzącym szkołę jest Samorząd Województwa Kujawsko-Pomorskiego. W 2000 r. utworzono Gimnazjum Specjalne i powołano Zespół Szkół Specjalnych nr 1 w Ciechocinku. W 2017 r. utworzono Liceum Ogólnokształcące Specjalne.

Obecnie w skład Zespołu wchodzą: Szkoła Podstawowa Specjalna nr 2 z oddziałami przedszkolnymi, Gimnazjum Specjalne i Liceum Ogólnokształcące Specjalne.

Kadrę pedagogiczną tworzy zespół nauczycieli i wychowawców posiadających zarówno kwalifikacje do nauczania przedmiotów jak i specjalistyczne w zakresie pedagogiki leczniczej.

Obecnie uczniami szkoły są dzieci i młodzież z terenu całej Polski przyjeżdżające na leczenie uzdrowiskowe do Szpitala Uzdrowiskowego nr 3 im. dra Markiewicza w Ciechocinku oraz pacjenci  Oddziałów Dziecięcych Wojewódzkiego Szpitala Specjalistycznego we Włocławku.

Dla dzieci i młodzieży od 7 do 18 roku życia pobyt na leczeniu uzdrowiskowym trwa 28 dni.  Dzieci w wieku 3-6 lat przyjeżdżają razem z rodzicami na 21 dni.

Podczas rehabilitacji dzieci i młodzież mają zapewnioną naukę i opiekę wychowawców. W szkole realizowane są obowiązkowe przedmioty z wyłączeniem zajęć wychowania fizycznego. Mali pacjenci przebywają pod stałą opieką wykwalifikowanej kadry medycznej i pedagogicznej. 

Zajęcia w szkole w Ciechocinku trwają od godz. 14.00 do 18.25; w szpitalu we Włocławku w godzinach dostosowanych do rytmu pracy oddziału dziecięcego, obserwacyjnego i chirurgicznego.

Umożliwiają dzieciom i młodzieży zachowanie ciągłości nauki po powrocie do szkoły macierzystej. Mniejsza liczba uczniów w oddziale zapewnia dostosowanie toku nauki  do możliwości psychofizycznych dzieci.

Zapewniamy naukę: języka angielskiego- w szkole podstawowej oraz liceum ogólnokształcącym; języka niemieckiego- w szkole podstawowej w oddziałach VII-VIII i w liceum ogólnokształcącym.

Podczas pobytu na leczeniu uzdrowiskowym w Ciechocinku uczniowie mogą przystąpić do egzaminów zewnętrznych.

Na zakończenie pobytu w szpitalu rodzice/ opiekunowie prawni otrzymują zaświadczenia z uzyskanymi przez dziecko ocenami, które przekazują szkole macierzystej.

Dzieci i młodzież motywowani są do udziału w konkursach wewnątrzszkolnych i zewnętrznych. Osiągają sukcesy i uzyskują przekonanie, że niezależnie od trwania choroby mogą próbować swoich sił prawie w każdej dziedzinie. Podczas cyklu zajęć wychowawczych "Mam talent" odkrywane są prawdziwe talenty artystyczne.

W szkole funkcjonuje biblioteka z Centrum Informacji Multimedialnej. Pracownia komputerowa umożliwiająca naukę informatyki na każdym etapie edukacyjnym. Sale lekcyjne wyposażone są w tablice interaktywne.

Budynek szkoły w Ciechocinku połączony jest z obiektem szpitalnym łącznikiem. Droga do szkoły jest krótka i bezpieczna. W szpitalu we Włocławku zajęcia odbywają się w świetlicach lub w salach na każdym oddziale dziecięcym.

Wspieranie dziecka przewlekle chorego i niepełnosprawnego w rozwoju,  to podstawa działalności wszystkich jednostek organizacyjnych wchodzących w skład Zespołu Szkół nr 1 w Ciechocinku.